Il s'agit d'un reboot de la série de films Resident Evil, adaptation libre de la série de jeux vidéo Resident Evil de Capcom. Ce nouveau film, présenté comme une « origin story », reprend des éléments des deux premiers jeux vidéo de la franchise : Resident Evil (1996) et Resident Evil 2 (1998).

Dans les années 1980, Claire Redfield et son frère ainé Chris vivent dans l'orphelinat de la ville de Raccoon City. Claire y rencontre Lisa Trevor, une petite-fille défigurée victime des expériences du Dr William Birkin. Ce dernier est employé par le géant pharmaceutique Umbrella Corporation. Choisie pour subir elle aussi ces expériences, Claire s'enfuit.

En 1998, désormais adulte, Claire revient à Raccoon City. Alertée par Ben Bertolucci, elle veut avertir son frère, qui travaille aujourd'hui pour la police locale, des dangers qui planent sur la ville. Après le départ d'Umbrella, Racoon City est à l'agonie. L'exode de la société a laissé la ville en friche. Au poste de police, le chef Brian Irons ordonne à Chris et ses collègues (Jill Valentine, Richard Aiken, Brad Vickers et Albert Wesker) d'aller secourir l'équipe Alpha près du manoir Spencer.